Разнообразие региональных систем, сложность и нелинейность протекающих в них процессов приводят зачастую к принятию несогласованных
и ошибочных решений. В связи с этим не удается достичь улучшения социально-экономического положения в одних регионах, не ухудшив его в других. Диагностика региональных различий на основе описания системной динамики применительно к макрорегиональной системе, состоящей из нескольких регионов, позволяет дать количественную и качественную характеристику закономерностей самоорганизации макрорегиональной хозяйственной системы. Это, в свою очередь, обеспечивает эффективность управляющих воздействий за счет их осознанного наложения на процессы внутрисистемной динамики региональных систем.